SR1系100番台は、しなの鉄道では初の新製車で115系の置き換え、ライナー列車の再有料化を目的に2020年7月に営業運転を開始いたしました。車両はS101-S103の3編成6両で、車体はE129系と同じサスティナシリーズの車体を採用しており、デザインはコンペが開催され、高原の風をイメージした濃いロイヤルブルーをベースに、側面には信州の山並みと千曲川の清流をイメージした緑と水色のラインと、115系のデザインを踏襲したシャンパンゴールドの4本線が引かれているデザインが採用されました。

運用はしなの鉄道の全区間および直通運転先の信越本線（篠ノ井駅-長野駅間）で運用されており、快速列車運用では、100番台3編成6両が連結した「しなのサンライズ」や100番台2編成4両が連結した「しなのサンセット」で使用され活躍しています。