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ゲームボーイアドバンス用ソフト『ポケットモンスター ルビー・サファイア』が、「メガシンカ」に迫る新たなストーリーや「ゲンシカイキ」などの新要素で、ニンテンドー3DSで生まれ変わる。
「メガシンカ」バトル中でのみ一部のポケモンが秘めたパワーを解放し、凄まじい力を発揮する。
「ゲンシカイキ」グラードンとカイオーガが、ゲンシカイキとよばれる現象によって、強大な力をとりもどした真の姿に。
「ジムリーダー」ジムリーダーと呼ばれる強力なトレーナーにバトルを挑み、勝利していく。
「おきがえピカチュウ」ストーリーを進めていくともらえる「おきがえピカチュウ」は、テーマに沿った衣装に着替えることが可能。